幽門肌肥厚以及幽門管腔狹窄之后，胃內容物不能順利地進到十二指腸，病人會出現進行性加重的非膽汁性嘔吐，為先天性肥厚性幽門狹窄最具特征性的臨床表現。剛出生的新生兒奶量較少，強有力的胃蠕動還可以將稀薄的奶汁擠到十二指腸。因此病人出生以后，近期沒有癥狀，到吃奶以及大小便均正常時，隨著熱量增加、奶量增加以及黏膜水腫加重以后，管腔更加狹窄。 多數病人在出生之后2-3周開始出現嘔吐，剛開始表現為溢奶增加，后來逐漸演變成頻繁嘔吐。幾乎每次吃奶以后幾分鐘就出現嘔吐，為噴射性嘔吐。嘔吐可以噴到幾尺以外，嘔吐量較大，有奶塊和酸臭味。嘔吐以后寶寶求食欲強，吸吮也有力。 患者梗阻部位在十二指腸乳頭近端，為膽道開口位置的近端。隨著嘔吐加劇，奶和水的攝入不足，患兒大便、小便量減少。剛開始患兒會有體重不增，以后出現體重下降，出現營養不良、脫水、消瘦、皮膚松弛。大量胃酸丟失以后病人會出現代謝性酸中毒，表現呼吸淺慢、手腳抽搐，晚期可以消耗自身組織。