自身免疫性腦炎跟一般的病毒性腦膜炎或者細菌性腦膜炎相比，預后相對較差。預后與以下因素有關： 1、與臨床癥狀的嚴重程度有關，比如急性期的自身性免疫性腦炎患者大腦受累，陷入昏迷，這種病情程度是比較重的自身免疫性腦炎，預后就較差； 2、和自身免疫性腦炎的病因有關，比如由卵巢腫瘤引起的自身免疫性腦炎，未去除腫瘤，可能會使自身免疫性腦炎復發，預后也就差。 所以需要盡量查明腫瘤病因，并予以切除，降低自身免疫性腦炎的復發率。