自身免疫性腦炎總體來說預后良好，80%左右的抗NMDA受體腦炎患者的功能恢復良好，具體情況如下： 1、早期接受免疫治療和非重癥患者的預后比較好； 2、對于重癥的抗NMDA受體腦炎，患者的平均重癥監護病房治療大約是1-2個月，病死率在2.9%-9.5%左右，少數患者完全康復需要2年以上； 3、抗LG|1抗體相關腦炎患者的病死率大約是6%； 4、抗GABAR抗體相關腦炎如果合并小細胞肺癌，則預后比較差； 5、部分自身免疫性腦炎患者在癥狀好轉或者病情穩定2個月以后，重新出現癥狀或者癥狀加重，就視為病情復發，抗NMDA受體腦炎的復發率大約是12%-31.4%，可以單次復發或者多次復發，復發的間隔一般是平均5個月；對于腫瘤陰性和沒有應用二線免疫治療或者長程免疫治療的患者，其復發率比較高； 6、對于自身免疫性腦炎的并發癥，像睡眠障礙，精神異常等，在有效的免疫治療以后，也可以逐漸的好轉。所以對自身免疫性腦炎應該早期診斷、早期正規的免疫治療，堅持長期的長程的免疫治療，以減少復發，改善預后。