乳腺導管內乳頭狀癌化療主要產生的副作用包括惡心、嘔吐等消化道反應，以及骨髓抑制、心臟毒性、周圍神經毒性。 乳腺導管內乳頭狀癌化療的副作用主要與藥物的毒性有關，與疾病的類型無關。根據病情和病期，部分患者要做新輔助，或者要做術后輔助化療，難以避免。化療藥是抗細胞毒類藥物，通常使用阿霉素類和蒽環類、紫杉醇類化療藥物。