肚子疼腹瀉的藥物治療根據病因有所不同，具體如下：1、急性腸炎：特別是細菌感染導致的腹瀉，通常建議進行對癥治療和對因治療。對癥治療可選擇黃連素、蒙脫石散，都是常用的止瀉藥物。同時可以選用抗炎藥物，比如常用的喹諾酮類藥物、頭孢類藥物，都可以起到抗菌作用，從而改善腹瀉和腹疼的癥狀；2、腸道痙攣：可輔以匹維溴銨類藥物，改善腸道痙攣、緩解癥狀；3、腸易激綜合征：若經過一系列檢查，提示并非器質性病變，而是功能性改變，治療上要去除誘因。可選擇緩解腸道痙攣的藥物，如匹維溴銨、馬來酸曲美布汀。也可以加用腸道益生菌，改善腸道內環境，緩解肚子疼腹瀉的癥狀；4、其他疾病：如炎癥性腸病、潰瘍性結腸炎，可出現黏液膿血便，需根據病情輕重，選擇不同治療。病情較輕的患者可選擇美沙拉嗪制劑，病情較重的可選擇激素、免疫制劑，甚至生物制劑的治療。