水樣腹瀉的治療主要根據病因所決定，水樣腹瀉如果是由于細菌感染所致，這時候除了腹瀉以外，往往還合并有發熱，甚至惡心、嘔吐，治療還是以抗感染為主，可以用抗生素來積極的治療。成年人多用的抗生素，就是喹諾酮類的抗生素。對于＜18歲的兒童，不建議用喹諾酮類的藥物，因為這類藥物，有可能會引起兒童的骨骼的發育，可以用頭孢類的抗生素治療。水樣腹瀉如果是病毒所引起來，這時候輕度的患者可能會有一些自愈的表現，主要注意休息、飲食的調節，避免辛辣、刺激。對于與一些清淡的碳水化合物為主，如果腹瀉嚴重的時候，也可以給予相應的止瀉藥。常用的止瀉藥，就是所說的思密達即蒙脫石散，這類藥有吸附病毒毒素的作用，從而也起到了止瀉的作用。水樣瀉還有一些可能并不是感染所引起，比如腸功能紊亂進食食物，對食物的不耐受，從而導致的水樣腹瀉。下次再避免進食這些食物以后，水樣腹瀉就能很好的緩解，還有一些特殊的疾病，比如慢性的水樣腹瀉大量的水樣腹瀉，有可能是存在神經內分泌腫瘤所導致的小腸瀉。如果出現這種反復、大量的水樣腹瀉，甚至可以導致人體虛脫的表現，應該積極進行排查，除外存在神經內分泌腫瘤的可能，還有水樣腹瀉的治療，還特別應該注意的是積極給予補液鹽，防止出現脫水的表現。嚴重的患者甚至需要靜脈點滴給予補液，糾正水電解質的紊亂。