輸尿管體外碎石在70-80年代出現時，是非常好的技術。但隨著技術的應用，輸尿管體外碎石也發現存在很多問題，最大的問題是碎石效率較低。很多病人需要碎2-7次，而且每次碎石時還需要有安全的間隔期，如腎結石，可能需要兩周的間隔期，輸尿管結石則需要一周的間隔時間。 體外沖擊波碎石會給泌尿系統，尤其是輸尿管帶來一種新的損害，稱缺血再灌注損傷。隨著每次沖擊波對輸尿管管壁的打擊，都會帶來一次缺血灌注中斷。沖擊波作用停止后，微血管又開始重新恢復灌注，反反復復的刺激和作用，會出現缺血再灌注損傷，會導致輸尿管狹窄、缺血、壞死。所以未來有可能會出現新的輸尿管管壁僵化、平滑肌纖維化，動力、蠕動能力下降。臨床影像學上通常會發現輸尿管狹窄，上段出現新的腎積水問題。所以如果一個結石需反復多次體外沖擊波碎石治療時，不建議繼續，建議進行內鏡手術。