運動后小腹疼痛的常見原因如下：1、胃腸道或者是消化系統疾病：最常見，患者運動以后，胃腸道系統可能會出現肚子疼現象，此疼有時并不局限于小腹，但有小腹疼也較正常。小腸在肚子里活動范圍比較大，如果運動后腸道不適，會有局部疼痛，而且有時可能也與下腹部肌肉韌帶運動狀態有關。出現此類情況，有時稱為岔氣，但是原因不唯一，還有其他方面原因；2、泌尿系疾病：患者在運動后也有疼痛相關癥狀，比如前列腺炎、泌尿系結石性病變等疾病，運動以后結石可能發生位置改變或者既往在腎里出現排石或者膀胱排到尿道里的情況時，都可能出現下腹疼痛癥狀。有時可以合并伴有腰部疼痛或者尿道臨近的疼痛；3、其他疾病：如女性要考慮有無婦科方面原因。