阿米巴角膜炎是由阿米巴原蟲導致角膜炎，治療較為困難，目前為止沒有一種能徹底殺滅阿米巴特別有效或特別敏感藥物。藥物治療，采取比如甲硝唑或洗必泰滴眼液進行治療，此類藥物對阿米巴角膜炎的治療效果欠佳。 阿米巴角膜炎如果藥物治療不敏感，可以采取手術治療，根據疾病進展不同階段，不同嚴重程度，比如病灶切除或角膜移植等不同手術方式進行治療。但手術治療之后也有復發風險，因為藥物治療效果不好，手術后也會復發，比如病灶清除清除不徹底等，會導致手術后復發，所以阿米巴角膜炎治療相當麻煩和棘手，且預后可能不好。