藥物流產的最佳時間一般在停經49天內，胎囊直徑<2cm的早期妊娠。藥物流產有一定禁忌證，其成功率一般在80%-90%，所以10-20%進行藥物流產的女性可能失敗，需進行清宮手術。一般藥物流產選擇的藥物是米非司酮和米索前列醇。患者有肝腎方面疾病，尤其肝腎功能損傷時不能使用米非司酮。青光眼和哮喘以及前列腺素禁忌證時，不能使用米索前列醇終止妊娠，患者有以上禁忌證，或以上兩種藥物過敏史時，都不能進行藥物流產。當胚胎過大，妊娠時間超過49天，且胎囊直徑>2cm的妊娠，選用藥物流產失敗率會提高，因為胚胎和蛻膜組織不能夠完整排出，導致藥流失敗。