IgA腎病必須要通過腎臟病理活檢，進行免疫病理診斷才能確診。其病理表現主要是在免疫熒光下發現系膜區有IgA免疫復合物的沉積。腎穿病理診斷是診斷的金標準，但是也要結合臨床排除繼發性的IgA腎病。例如乙肝相關的疾病、過敏性紫癜、系統性紅斑狼瘡，以及風濕免疫性疾病。IgA腎病的診斷，除了病理診斷以外，也要結合臨床的理化指標，例如尿液的檢查，如血尿、蛋白尿，患者有時候還會出現血中IgA水平的增加。