肛瘺的前期癥狀是疼痛，肛管通暢，不嚴重一般無疼痛，肛門局部略有腫脹感，行走時可加重。若外口封閉，瘺管積存膿液或者糞便進入瘺管都會疼痛加重，或排便時疼痛加重。而內盲瘺則常感直腸下部和肛門部灼熱不適，排便時疼痛加重。一般新生成的瘺管排膿較多，膿汁黏稠，黃色味臭，瘺管日久排膿相對較少，時有時無，稀淡如水。若容量增加，則表示新生的瘺管形成。瘺管有時會暫時封閉，不排膿液，從而出現局部腫痛，體溫上升以后封閉的瘺口破潰又排出膿液，也可以從瘺口排出氣體或糞便。還有就是當侵犯范圍較大較深或支管較多時，反復炎癥感染，會導致消瘦、貧血、便秘、排便困難等全身癥狀。