腳底癢起水皰的原因如下：1、足癬：腳底出現真菌感染性皮膚病，通俗稱之為腳氣，多見于夏季患者腳部多汗的人群，臨床表現是腳底可以出現水皰，特別是腳趾縫或腳趾部位，由于患者穿不透氣的鞋子或腳經常泡在水里，局部導致真菌感染，多見于水皰型足癬或浸漬糜爛型足癬，伴有皮膚瘙癢，真菌檢查呈陽性；2、濕疹：由于足部多汗或長期捂腳導致的過敏性皮膚病。患者應該到醫院經皮膚科醫生的詳細檢查和真菌學檢查，明確是真菌感染性皮膚病，還是過敏性皮膚病，并給予正確治療。