支原體肺炎一般發病以后以咳嗽為主要癥狀，因為病變是在氣管、支氣管以及毛細支氣管，支原體引起氣道黏膜充血、水腫、壞死、脫落。支原體會釋放有毒化學產物，例如過氧化氫有毒化學產物可以破壞氣管壁上皮細胞，抑制纖毛運動。目前可以發現支原體除直接致病以后，代謝產物可以引起氣道過敏反應，因此病變氣道反應性多有增高。長期咳嗽不愈患者需要進行進一步檢查，除外咳嗽變異性哮喘發生。 咳嗽一般劇烈持久，咳嗽多在六周左右。如果明確支原體肺炎以后應該給予大環內酯類藥物或喹諾酮類藥物治療，可以明顯減輕癥狀，縮短病程。咳嗽時給予止咳藥物或抗過敏藥物，例如復方甲氧那明。