全飛秒手術是微創手術，整個過程都是通過計算機控制飛秒激光完成，因此手術過程并不會痛苦，可能患者因為需要手術較為緊張，但一般術前醫生會進行詳細介紹，并會給眼睛注射表面麻醉劑，可以有效減輕疼痛刺激，緩解緊張情緒。此外全飛秒手術的手術切口較小，術后恢復相對較快，術后引起的干眼癥及不舒服的感覺，相較于其他激光手術方式更輕微。