腦起搏器手術屬于顱腦手術，但是其為微創手術，和顱腦外傷、腦出血、顱內腫瘤手術相比，其創傷較小。腦外傷、腦出血和腦腫瘤手術一般需要開顱，手術創傷較大、切口較大，打開顱骨板進到顱內的時間也較長、出血較多。這類手術的風險相對較大，所以造成手術并發癥，如腦出血、顱內感染等后遺癥的風險較大，一般為3%左右。 腦起搏器手術屬于微創手術，是在立體定向技術引導下進行的手術。首先其創傷較小，在雙側額頂部一邊一個，較小的弧形切口，或者C形切口，一邊顱骨只鉆一個洞，不是把整個顱骨打開。其只在導航、微電極、手術計劃系統、磁共振的引導下把直徑不到1.5mm的電極植入顱內，所以整體創傷較小、出血較少、切口較小，對患者的損傷并不大，而且手術條件允許時，多數患者在局部麻醉下進行手術，手術中患者大腦是清醒的，可以說話、做動作、和醫生配合、和醫生交流溝通，所以手術風險非常小的，患者在接受手術時不必對此產生畏懼心理。