肛瘺的治療基本上以手術治療為主，很少藥物能徹底治愈，但古代也有治愈肛瘺的成功案例，比如《醫宗金鑒》里頭有黃連閉管丸，吃完以后瘺管就閉合。但大部分情況下可能得需要外科處理。手術的關鍵是要處理原發口，原發口往往都在直腸里，肛隱窩處。如果不處理原發口，感染源沒有控制，會導致復發。所以要把瘺管切開或者切除，把內口結扎或者是切開、閉合，肛瘺才能夠治愈。