治療支原體感染的常用藥，主要包括一是喹諾酮類抗菌素，目前常用的是左氧氟沙星；二是阿奇霉素，屬于大環內酯類抗菌素；三是四環素族多西環素，也是臨床上支原體感染經常應用的藥物。泌尿外科中最常見的支原體感染是非淋菌性尿道炎，其他包括前列腺炎也可能是支原體感染引起。支原體感染通常要結合伴隨癥狀處理，由于自然界有上百種支原體，僅十余種有致病性，正常寄生在人體內，不引起任何臨床癥狀，若機體免疫力下降時，則可能造成癥狀。只有伴隨癥狀的支原體感染才進行治療，健康攜帶者則無需治療。支原體感染出現癥狀后，需在醫生的指導下應用抗菌素治療，常用藥物包括左氧氟沙星、阿奇霉素和多西環素等，需早期發現，早期診斷，足劑量、足療程應用。但治療目的是以控制癥狀作主，并不追求殺滅支原體，而實際上也無法完全去除支原體。