支原體治療主要應用以下幾類藥物：1、氟喹諾酮類：可以選擇左氧氟沙星，也可以應用莫西沙星；2、四環素類：可以選擇多西環素或者米諾環素，主要是口服治療；3、大環內酯類：可以選擇阿奇霉素或者克拉霉素，但是克拉霉素對于支原體而言，不如阿奇霉素效果好。阿奇霉素治療支原體和衣原體，已經出現了不同程度的耐藥，所以可能會出現無效病例。如果對于支原體出現無效病例，可以換用其他藥物。除了大環內酯類藥物之外，其他兩種藥物對于兒童都有不良反應，如果吃四環素類藥物，短期服用不至于出現四環素牙。如果出現阿奇霉素耐藥，可以考慮短期應用四環素類藥物。如果是輕微上呼吸道感染，通常情況下不應用抗菌藥物治療，有些患者可以自限。但是如果引起支原體肺炎，必須遵醫囑應用抗菌藥物治療。