肝內膽管小結石或鈣化灶一般沒有明顯的癥狀，肝內膽管的小結石或者是鈣化灶，在肝實質內一般不會引起附近的膽管擴張，對于肝實質本身也不會造成明顯的影響，因此對肝功能和身體的其它器官系統都不會造成特別明確的影響，此時也就不會有明顯的臨床表現。隨著結石的增長，結石有可能會導致膽管的阻塞，此時會出現肝功能的異常，首先表現的就是谷氨酰轉肽酶和堿性磷酸酶的輕度升高，且隨著病變的進展，有可能會進一步導致轉氨酶和膽紅素的異常。少數患者在繼發感染時可能會出現腹痛和發熱的癥狀，但是這些通常都是在結石比較大以后才可能出現。而鈣化灶即使是比較大，也不會造成明顯的腹痛，不會造成明顯的肝功能異常，所以臨床上缺乏明顯的癥狀。當體檢發現肝內膽管小結石或鈣化灶時，患者不用焦慮、不用恐慌，通常只要定期復查即可。一般建議每年復查一次肝膽的超聲以及肝功能，根據這些結果再決定是否需要進一步的檢查。