慢性直腸炎大多為潰瘍性直腸炎，經過臨床治療可以達到臨床緩解。潰瘍性直腸炎治療包括內科治療和外科治療。內科治療目標是誘導并維持癥狀緩解以及黏膜愈合，防治并發癥，改善生存質量。常用藥物為氨基水楊酸制劑、糖皮質激素、免疫抑制劑、抗生素等。氨基水楊酸制劑包括5-氨基水楊酸制劑，例如灌腸劑、栓劑和柳氮磺胺吡啶，用于輕中度潰瘍性直腸炎的誘導緩解以及維持癥療。 糖皮質激素對急性發作期存在較好療效，適用于對氨基水楊酸制劑療效不佳的輕中度患者，特別適用于中重度活動期患者。免疫抑制劑適用于5-氨基水楊酸維持治療效果不佳，癥狀反復發作以及激素依賴的維持治療。此外，還可以使用生物制劑，例如英夫利昔單抗。外科治療指征包括中毒性巨結腸、消化道大出血以及癌變。