扁桃體結石類似于石頭，通常有一定硬度，但沒有石塊堅硬。部分患者的扁桃體結石較松散，輕微用手指碾壓會碎掉，部分患者的扁桃體結石可能偏硬，觸摸時可能有沙礫感。但扁桃體結石無論是軟還是硬，其成因基本相同，所在部位也基本相同，通常存在于扁桃體隱窩內，是指扁桃體表面上皮向扁桃體實質內深入的盲管。扁桃體結石是平時所吃食物的殘渣、無機鹽及口咽部分泌物裹著病毒和細菌的分解代謝物一起沉積在扁桃體隱窩內，形成形狀大小不一的團塊樣組織。扁桃體結石的硬度主要取決于無機鹽含量，無機鹽含量越多，硬度越高，所以扁桃體結石的嚴重程度與硬度沒有必然的直接聯系，屬于一種良性病變。