阿莫西林對感染引起的口腔潰瘍有用，比如膜性口炎、細菌性口炎。表現為口腔潰瘍和糜爛的疾病，部分由感染引起，抗生素對此類疾病有效，但抗生素需在醫生指導下使用，且只有對于阿莫西林敏感細菌引起的感染，才能選用阿莫西林治療。一般常見的復發性口腔潰瘍和創傷性潰瘍，其病因不是感染，所以這種潰瘍不應該選擇阿莫西林。創傷性潰瘍一般由創傷因素引起，治療主要是去除創傷因素，比如處理殘根殘冠，去除刺激因素后，即使不用藥，潰瘍也能在短時間內愈合。也可選用促潰瘍愈合的藥物，比如重組人表皮生長因子凝膠、康復新液或外用潰瘍散，不能隨便選用抗生素治療口腔潰瘍，且患者不能擅自服用抗生素。