由于核磁共振成像是利用人體軟組織中的氫質子，在強磁場中產生共振現象來達到目的。氫質子是指水分子中的氫質子，人體軟組織中存在大量的水分子，所以磁共振檢查對人體軟組織的病變檢測有其獨到優勢。而人體骨內中所含水分子大大少于軟組織所含水分子，因此，骨內影像不能清楚顯示出來。這一方面是磁共振的局限性，其不適合骨內組織的檢查。但另一方面又是優勢所在，不會受到骨內影像的干擾，使腦組織的影像得以清晰的顯示出來。 顱內平掃可涉及的病變十分廣泛，如顱內出血、梗塞、炎癥、結核、中毒性腦病、寄生蟲類疾病、顱內腫瘤、脫髓鞘病變、血管性病變等各種疾病都可檢測出相應的MRI征象。但與其它任何檢查手段一樣，MRI也不是萬能的。有的病變因有其特征性表現，可直接平掃就做出明確診斷，有些病變必須結合其它檢查，綜合分析才能做出診斷，有些疾病甚至無法做出明確診斷。