移植兩個囊胚的風險，實質上就是多胎妊娠。囊胚的種植率要比第三天卵裂期的胚胎的種植率要高得很多，所以移植兩個囊胚出現雙胎妊娠的風險，就要比單胎妊娠大。目前現代醫學的觀點認為女性，尤其是人類，實際上是單胎動物，單胎動物一個子宮下去懷孕兩個胚胎，而這樣就會加重懷孕期間的負擔，女性容易出現妊娠期高血壓疾病、妊娠期糖尿病。同時，兩個胚胎在一個子宮內，也容易出現一些問題，比如先兆流產、先兆早產，包括胎膜早破、胎盤早剝等。因為宮腔內壓力比較大，所以出現這些比較兇險的產科并發癥的風險，要比單胎要大得多。所以目前的現代醫學建議懷單胎，雙胎甚至是三胞胎實際上是妊娠的一個合并癥，不利于妊娠期的母兒的安全，這就是懷兩個囊胚的風險。懷兩個囊胚，容易出現雙胞胎甚至是三胞胎。三胞胎或者是雙胞胎，對胎兒而言容易出現先兆早產、先兆流產的風險。另外，兩個胚胎擠在一塊，尤其是有部分囊胚出現單卵雙胎的現象，可能會出現胎兒輸血綜合征等胎兒發育不良的情況。會加重母體的負擔，容易出現妊娠期高血壓疾病、妊娠期糖尿病。所以，現在很多成熟的生殖中心，都建議選擇單囊胚移植。