男性尖銳濕疣檢查，應在皮膚性病科就診，并由專科醫生進行外生殖器檢查，包括龜頭、包皮、冠狀溝、陰莖系帶、尿道口、陰囊、腹股溝兩側以及肛門等部位，進行系統檢查，發現可能存在的異常新生物。若未發現明顯的新生物，可以進行HPV-DNA(人類乳頭瘤病毒核酸)檢測，這是一種分子生物學的方法，檢測是否有人乳頭瘤病毒亞型感染。若發現存在明顯的疣體，可以判斷患者已經患有尖銳濕疣，再進行HPV-DNA檢測，便可鑒定為哪種型別。外生殖器也可以通過醋白試驗進一步鑒定，醋白試驗并不是唯一的鑒定標準，但可以通過此類方式，發現可能被病毒感染的區域。醋白試驗若呈現發白的顏色，表示該部位可能被病毒感染，可以在此部位進行人乳頭瘤病毒的HPV-DNA檢測。