腸炎是籠統疾病稱呼，分類為細菌性腸炎和炎癥性腸病導致腸炎。最常見細菌性腸炎，治療首先確定病原菌，根據病原菌進行抗菌治療。一般導致腸炎細菌是革蘭氏陰性桿菌，治療首選喹諾酮類抗菌素治療。 炎癥性腸病治療主要應用5-氨基水楊酸類藥物，代表藥物主要是美沙拉嗪。炎癥性腸病治療需長程治療，5-氨基水楊酸類是基礎治療，必要時要加用激素治療甚至免疫抑制劑治療。炎癥性腸病涉及到免疫系統發病，主要是細菌外界環境作用于感染易感者，啟動自身免疫發病，出現遷延不變腹痛、腹瀉、黏液膿血便癥狀，包括潰瘍性結腸炎和克羅恩病。