慢性腸炎根據其不同的病因，治療方案也有所不同。慢性腸炎包括慢性細菌性痢疾、慢性阿米巴腸炎，及非特異性潰瘍性結腸炎。在治療方案中，主要包括抗病原體的抗感染治療、抗炎治療、一般治療。在用藥方面，以口服、塞肛、灌腸用藥為主。如果是非特異性潰瘍性結腸炎，用藥方面以四朵金花為主，即柳氮磺胺吡啶類、激素、免疫抑制劑、生物制劑等。嚴重的慢性腸炎患者，建議定期復查腸鏡，進行抽血等檢查，根據腸鏡和抽血檢查，對治療方案進行調整，通過以上的治療，可達到結腸炎黏膜的愈合標準。