男性生殖系統上面長小痘痘，原因較多。男性生殖器包括陰莖、陰囊，具體如下：1、龜頭炎：如果龜頭上長痘痘，首先要考慮是不是龜頭炎，陰莖上長痘痘，有可能是包皮的一些炎癥；2、毛囊炎：陰囊如果出現小痘痘，有些需要排除是否是皮脂腺囊腫，或者陰囊上毛囊的一些問題，如毛囊炎、毛囊堵塞等等；3、性病：比較多見的性病，如尖銳濕疣，尖銳濕疣在早期比較小的時候，看上去就像是小痘痘。一般最多見到的是在龜頭、尿道口、包皮前端，所以男性生殖系統上如果有小痘痘，應該及時到醫院進行進一步檢查。