食管潰瘍常吃的藥物是抑制胃酸的藥物、中和胃酸的藥物，盡量避免胃酸對于食管的影響。另外主要用保護食管黏膜、修復食管黏膜的藥物，包括硫糖鋁、鋁鎂加混懸液，或潔維樂的混懸液，可以起到治療食管潰瘍的作用。針對食管潰瘍，最主要的是要明確病因，上述藥物主要起到對癥修復潰瘍，防止潰瘍再發展、加重，減少潰瘍出血的作用。只有知道潰瘍病因，才能夠從根本上解決潰瘍。如腫瘤性潰瘍要按照腫瘤進行處理，免疫病導致的潰瘍，如白塞病引起潰瘍，針對白塞病進行免疫抑制劑治療。另外食管結核也可以引起潰瘍，需要用抗結核藥物進行治療。針對食管潰瘍的治療，除了使用鋁碳酸鎂、鋁鎂加、硫糖鋁這些藥物保護、修復黏膜，和抑酸的藥物治療外，康復新液也可以用于潰瘍治療。除這些治療外，最主要是找到潰瘍的病因，食管潰瘍與胃潰瘍、十二指腸潰瘍的病因不完全一致，要按照食管潰瘍相關病因進行對癥處理。