脊髓脊膜膨出手術的預后并不理想，脊髓脊膜膨出是較嚴重的顯性脊柱裂。由于膨出的硬脊膜囊內存在脊髓、神經根等組織，在硬脊膜囊局部膨出后，長期的沖擊和壓力作用下，脊髓和神經根可能發生變性。患者可能會出現不同程度的大小便失禁、雙下肢的運動感覺障礙。如果及時進行手術，有助于控制神經功能障礙的進展，避免神經功能障礙繼續加重，但很多神經功能在手術后，也難以完全恢復正常，雖然部分神經功能，可以獲得不同程度的恢復，但是很多數患者需要進行長期的康復治療，甚至經過上述治療后，患者的神經功能障礙也難以完全恢復。部分患者會長期遺留大小便失禁等情況，還需要進行骶神經吻合術，或者骶神經刺激術等方法進行控制。對于脊髓脊膜膨出的患者，應該在診斷明確后，盡早接受手術治療，有助于改善患者手術后的預后，盡可能避免神經功能障礙的進行性加重。