腎囊腫的并發癥主要包括出血、感染、腎功能損害，部分病人還會有疼痛，具體如下；1、疼痛：腎囊腫由膨大的腎小管憩室形成，這種憩室隨著囊液的分泌會不斷長大，長到一定程度時，牽拉到腎臟包膜或者影響到腎盂，病人就會出現疼痛，一般是鈍痛，有時疼痛不嚴重。另外，囊內有出血感染的時候，病人也會感覺到腎臟疼痛；2、囊內出血：囊腫的生長速度過快時，囊內就會出現出血，出血時病人也會感覺到腰背部不適或者腰背部脹痛等；3、感染：特別是囊內出血后，因為血液是比較好的培養基，這個時候如果有細菌生長，就會出現囊內感染，需要進行積極治療；4、腎功能損害：腎囊腫逐漸增大后，會影響到腎臟組織，會對腎臟組織造成擠壓、牽拉等，這種擠壓就會讓腎臟局部組織出現變形，此種變形就可能導致腎功能損害，出現腎功能不全的表現。