黏膜囊腫的治療方案，通常要根據患者黏膜囊腫的部位、囊腫的大小，以及囊腫與周圍組織的關系等來決定。并且要考慮到患者的全身情況、基礎情況，以及患者能夠承受相應治療的一種基礎等，進行綜合的分析、判斷，從而給予最佳治療，具體情況如下：1、保守治療：通常對于非常小的黏膜囊腫，多半可能并不一定考慮進行手術治療，可以進行相應的檢查。如果囊腫對口腔頜面部以及全身沒有明顯的損害和損傷，可以先進行密切的觀察，進行保守治療。根據后面病情變化的情況，再決定進一步的治療；2、手術治療：如果黏膜囊腫較大，而且影響了口腔頜面部的美觀及功能，還是要盡早進行相應的術前檢查，并且進行相應的分析。在進行完善的檢查分析以后，多半可能考慮進行手術治療。在手術治療以后，要根據病理結果，決定進一步的治療方案。