嬰兒腹瀉的原因可以分為兩大類，一類是感染性腹瀉，另一類是非感染性腹瀉。感染性腹瀉更為多見，首先以細菌感染為主，其次是病毒感染。細菌性腹瀉嬰兒可以在幾天內突然出現大便次數改變增加、大便的性狀改變，大便可以呈稀水樣、糊狀或者伴有黏液，嚴重者可出現全身癥狀，如發燒、腹痛、 嘔吐等。 病毒性腹瀉最常見的原因是輪狀病毒感染，也叫秋季腹瀉，主要發生在秋冬季，春季會有少許的發病，多見于兩歲以內的患兒，突然出現嘔吐、水樣大便或蛋花湯樣大便，一天可以大便十多次，腹痛癥狀不明顯，疾病初期會有一定的發燒。還有少見的非感染性腹瀉，以嬰幼兒的乳糖不耐受多見，患兒出生后就會出現大便次數增多、性狀改變。