HPV疫苗需要6個月打完，6個月之內有懷孕計劃的人群不建議注射，6個月之后才有懷孕計劃則可以注射。WHO的立場文件表示，備孕期間注射HPV疫苗對懷孕及免疫系統沒有明顯影響，若馬上就有懷孕計劃，可以等哺乳期過再接種HPV疫苗，但半年以上才準備懷孕的人，可先接種HPV疫苗。如果在接種疫苗期間意外懷孕，也可以繼續妊娠，只需要做好產檢，不必因為接種HPV疫苗做流產手術。HPV疫苗總體而言比較安全，2017年WHO發布了關于HPV疫苗的立場文件，主要講解宮頸癌疫苗的安全性，其副作用主要是局部注射部位的結節、疼痛，部分人會出現低熱，但以上癥狀通常24-48小時可自行消退，多數不發生很嚴重的反應。