肛瘺手術過程時間難以明確，因為部分簡單肛瘺只有一個內口和一個外口，屬于較淺的低位肛瘺，竇道明確，手術需要十幾分鐘到半小時就能解決。 部分高位肛瘺時間較久且復雜，如馬蹄形肛瘺，或者有些肛瘺竇道延伸得較遠、距離遠，這些手術相當復雜，有些甚至是數小時都不能完成，而且肛瘺手術后愈合較慢，特別容易復發。部分術中找不到內口、沒有內口、位置太高，就容易復發。復雜肛瘺手術過程中很容易損傷肛門外括約肌及內括約肌，引起術后嚴重的并發癥，如肛門失禁、肛周感染。