低位簡單肛瘺的手術做的是肛瘺的切開術，首先確定肛瘺的位置，找到內口、外口和管道。其實手術的操作過程并不長，但是確診瘺管的位置和高低范圍非常重要，以免遺漏。所以一般單純的肛瘺就指只有一根瘺管，直接從外口把探針探進去，從內口探出來，內口、外口之間的管道就比較清晰，直接切開就可以。切開以后還要進行再一次的判斷是否有其他的支管，因為瘺管很多都是有支管，如果支管不處理就會存在復發的可能，所以再次檢查排除有其他瘺管的可能。另外把瘺管給進行簡單的處理，形成引流通暢的坡狀、楔狀創面，讓創口從底下往上長，最后爬上皮即可。