肛周膿腫手術時間要根據病人具體情況而定。肛周膿腫分低位膿腫和高位膿腫，低位膿腫操作很簡單，所以需要時間很短，十幾分鐘可處理完成。 高位膿腫就比較復雜，在處理膿腫過程中把所有間隔都打開，進行腐肉清除，所以手術耗時比較多，部分比較復雜手術需要一個小時左右。所以手術時間長短取決于手術難易度，如果淺表肛瘺時間很短，而比較高位復雜膿腫，處理耗時比較多。