為進一步明確胃鏡下病變的病理性質時，需要進行活檢，有助于進行最終的病理診斷。通常情況下做胃鏡時均會取活檢，即使診斷為慢性胃炎，也需要一定的病理檢查支持，并且在需要取活檢的部位取活檢。如果在胃鏡下觀察到胃部炎性改變，通常會在胃竇、胃角、胃體的大彎、小彎等位置取活檢。如果發現潰瘍改變，此時則會在潰瘍邊緣，即正常組織與潰瘍相交的組織邊緣取活檢，并且進一步送檢。如果在胃鏡下觀察到可疑的惡性病變，可能會在不同部位取活檢并且送病理學檢查，才能幫助更好明確病變的病理性質。