目前并沒有比較有效地治療HPV感染的藥物，因此出現HPV39型感染時，目前也沒有比較有效的藥物。部分醫院可能會嘗試使用干擾素或生物蛋白敷料類藥物進行治療，但目前并沒有特別充分的證據表明這些治療有效。而且當發現HPV39型感染時，需排除是否有宮頸癌，或癌前病變的存在。HPV39型屬于高危型的HPV病毒，若是持續出現HPV39型感染，可能會增加出現宮頸癌，以及癌前病變的幾率。如果是持續的HPV39型感染，尤其是持續1年以上的感染時，需進行陰道鏡的檢查，排除是否有宮頸癌前病變或宮頸癌。如果出現癌前病變或宮頸癌，需根據針對癌前病變或者是宮頸癌進行手術治療。如果沒有出現癌前病變或宮頸癌，此時通常不建議使用藥物進行治療，此時建議后續進行持續觀察，需要1年以后再次復查TCT和HPV檢查。在后續復查的過程中，可能人體自身能夠清除這種病毒，但如果后續檢查中依然持續陽性，則需要再次進行陰道鏡的評估。