肚子一到下午就疼痛的原因，主要如下：1、自主神經功能紊亂：常與工作情緒或工作節奏有關，患者下午放松時，可能自主神經功能紊亂，從而引起腸功能紊亂，出現腸管痙攣性收縮，導致節律改變，而腸管正常收縮呈節律性，即3-5次/分鐘，這種情況下腸管收縮失去節律，可以快速收縮，達到6-7次/分鐘、7-8次/分鐘，進而出現腹痛。一般給予糾正腸功能紊亂藥物，如得舒特、援生力維，再補充益生菌，加強體育鍛煉及戶外活動可緩解癥狀；2、腹部臟器病變：常見為小腸和大腸病變以及其他器質病變，如小腸炎性改變、克隆病、腸結核、潰瘍性結腸炎，或結腸和直腸有腫瘤性病變等，這類情況下，患者需進行相關病變部位的檢查，如結腸處行結腸鏡檢查。小腸通過消化道造影、腹部CT、小腸鏡檢查發現病變時，均需規范化治療。