頭部疾病通過腦CT沒有診斷清楚，病因不清時可以考慮進行頭部磁共振的檢查。頭部磁共振包括很多序列，對腦部組織成像、病灶成像，以及急性缺血性病灶的成像比較敏感。同時還具有特殊序列，如磁敏感成像進行微出血的評估，所以需要成像序列時，則需要做頭部磁共振。按疾病來說，對于急性腦卒中在24小時之內，尤其是前12個小時之內，頭CT看不到急性病灶。這時頭部磁共振檢查DWI的序列，可以明確病灶部位。同時在CT上看到輕微異常，不能明確病變的性質時，可以借助磁共振更加詳細地進一步評估。同時頭部磁共振也可以進行非增強的血管成像，明確腦血管的情況。所以對于急性腦梗、腦血管病變或慢性頭疼突然加重，頭部CT沒有明顯陽性表現的患者，可以進行頭顱磁共振的檢查，明確病變情況。