男性肛瘺的早期癥狀通常以肛周膿腫為主，然后再出現肛瘺。因肛周膿腫而發生的疼痛，為所有肛腸良性疾病中最劇烈的一種。通常此類病人在就診時可表現為大汗淋漓、無法行走，甚至由于疼痛而導致失眠。 無論肛周膿腫為自行破潰，還是通過大夫處理后形成外口，均可因傷口遷延不愈而形成外口、內口，以及中間竇道。當患者出現肛瘺后，需及時就診，一旦診斷則應盡快進行手術治療，否則無法達到根治目的。