肛瘺是由肛周膿腫發展來，早期時會有肛周腫痛。過幾天以后，如果膿腫破潰肛周有潰口，有膿血流出，腫痛就會逐漸緩解，慢慢會形成慢性炎性瘺管。潰口有的時候會自行閉合，但是實際上深部組織還沒有完全恢復，身體抵抗力差，勞累上火、進食辛辣、飲酒等會導致再次腫痛，破潰流膿，如此反復不愈。也有的是肛周膿腫做小切口引流，逐漸的形成肛瘺。 如果是低位肛瘺，病人有的時候會自己摸到從潰口到肛門中間皮下有硬條索狀的東西。也有一些肛瘺是肛周膿腫，沒有從皮膚表面破潰，而是從肛門里面破潰，這樣發作的時候只有肛門里面有墜脹疼痛，大便表面會帶有膿，并且需要專科醫生做指診才能檢查出來。