耐藥菌感染的治療療程，不同細菌感染、不同人群感染、感染部位不同，以及治療是否及時、病情嚴重程度如何，都會影響治療療程。比如耐甲氧西林的金黃色葡萄球菌感染，也就是常稱的MRSA，如果引起感染是在肺部，療程相對比較短，可以病程在1周或者4周的時間。這個時間的跨度較大，部分病情稍輕的可能1周時間就能治療好，但是部分嚴重的可能病程要延長到4周。所以對于耐藥菌感染，取決于患者多種因素、是否有基礎病，感染的病情是否嚴重，每個人的療程存在著很大的個體化差異。另外，MRSA對于其他部位的感染療程又有所區別。比如MRSA，如果入血引起敗血癥，治療療程一般可能要在2周以上，嚴重的患者可能會達到4周或者更長時間。如果MRSA引起了感染性心內膜炎或者骨髓炎，療程可能會在4-6周的時間。如果MRSA引起了骨關節炎，療程可能會達到8周以上。所以不同部位的感染，以及病情嚴重程度不同，治療療程存在著非常大的差異。