多重耐藥菌是指對抗菌譜范圍內，三類或三類以上的抗菌藥物不敏感的細菌，通常不敏感包括耐藥和中介兩種情況。臨床常見的多重耐藥菌，包括耐甲氧西林的金黃色葡萄球菌(MRSA)、耐萬古霉素的腸球菌以及超廣譜β-內酰胺酶的腸桿菌科細菌。例如產酶的大腸埃希菌、產酶的肺炎克雷伯菌，還包括多重耐藥的銅綠假單胞菌，及多重耐藥的鮑曼不動桿菌等。細菌對抗菌藥物的耐藥機制可包括多種，重點為滅活酶，比如產β-內酰胺酶及氨基糖苷鈍化酶等。靶位的改變也較為重要，如青霉素結核蛋白的靶位改變，對于膜通透性的改變，使藥物不易進入細菌體內。此外較重要的機制為細菌泵出系統的增多、增強，使已進入到細菌體內的抗菌藥物，被泵出系統泵出體外，從而未發揮作用。還包括膜主動轉運減少及建立新代謝的途徑等，有時多種機制可以同時存在。