胃腸道間質瘤是發生在胃腸道的平滑肌上的腫瘤，以往醫學上分為胃腸道平滑肌瘤和胃腸道平滑肌肉瘤，分別是良性和惡性兩種。但經過醫學多年的臨床觀察研究，此病理區分較為不科學，后醫學上把胃腸道的平滑肌發生的腫瘤，統一稱作胃腸道間質瘤，胃腸道間質瘤具有復發轉移這樣的特性，通常當作惡性腫瘤來處理。胃腸道由三層組織組成，食物經過的組織是黏膜，黏膜外有肌肉，肌肉層收縮，能夠幫助消化，和推進食物往前，最外面有一層光滑的膜稱作漿膜。胃腸間質瘤常發生于肌肉層。