大部分自身免疫性腦炎病人，沒有后遺癥，個別遺留后遺癥的病人，主要是一些認知功能下降或者癲癇。因為對于現在的自身免疫性腦炎，90%左右的病人是抗NMDA受體腦炎，這一類腦炎的主要癥狀是精神行為異常、認知功能下降和癲癇發作。大部分病人精神癥狀都能得到很好地控制，但是反復癲癇的病人，認知功能下降，癲癇不好控制。只有個別重癥病人可能會遺留認知下降和癲癇發作，但是70％-80％及以上的病人，不遺留后遺癥。所以自身免疫性腦炎后遺癥不是很多，極個別特別重癥的病人，可能會出現記憶力下降或者反應遲鈍等認知功能的一些輕度異常，以及癲癇持續狀態，持續時間比較長可能會控制不好，會出現偶爾的癲癇復發或者發作。