自身免疫性腦炎患者后遺癥主要為癲癇發作、精神發作及記憶力障礙等。癲癇發作患者需服用抗癲癇藥。精神發作表現為精神異常、行為異常、胡言亂語、溝通障礙、無法正常工作與學習，此類患者可給予抗精神病藥物治療，經積極治療原發病后精神癥狀會逐漸得到控制；自身免疫性腦炎多數影響邊緣系統如顳葉、海馬體等部位，導致患者出現記憶力下降，可給予患者營養腦細胞藥物治療，改善記憶功能。