先天性陰莖短小可以治療，但需要根據不同的情況，選擇不同的治療方法。如果是性腺功能低下造成的先天性陰莖短小，通過糾正內分泌的功能，改善性腺功能，可以使陰莖正常發育，尤其是青春期以前及時治療。對于陰莖短小的病人，還可以選擇手術治療，如陰莖延長、增粗手術。如果病人感覺自己的陰莖短小，醫生需要判斷患者是否存在真正的陰莖短小。陰莖的功能性長度指>7.5cm，此時認為可以達到正常的功能，并不認為短小。因為除了外觀上造成障礙外，實際上不影響生理功能。并且測定要求從龜頭到恥骨，并且最好在充分勃起的狀態下進行測量，而如果沒有充分勃起，則一定要在最長牽拉的狀態下，從龜頭到恥骨進行測量。如果測量的距離>7.5cm，基本屬于正常情況。而如果測量的距離<7.5cm，此時才稱為陰莖短小或小陰莖。